He tenido el mismo problema con las versiones 3.x con mallas que se acercan a los 100.000 elementos.

Para salir del paso, generé la malla en la versión 2.6 de Iber y luego abrí el proyecto con la última versión 3.2.2. Pero solo eso, porque al pasar condiciones de contorno entre versiones se me han generado unos errores menores que es mejor evitar.

Saludos.