La interfaz gráfica nos permite generar fácilmente un archivo en el que se indican las características de los culverts. En concreto este archivo es el "Iber_Culverts.dat" y se genera en la propia carpeta del modelo. Cuando ejecutamos el modelo desde la interfaz gráfica se generan todos los archivos que sirven de input a Iber y se llama al ejecutable para que calcule. 

Puedes construir tu modelo sin los culverts y generar todos los archivos de entrada. Así el archivo Iber_Culverts.dat se generará vacío (en blanco). Puedes coger el Iber_Culverts.dat de tu modelo en donde sí los tienes definidos y sustituirlo. Una vez que has hecho esto debes llamar al ejecutable de Iber y ejecutar el modelo. No puedes hacerlo de la manera "tradicional" desde la interfaz porque se volverá a generar el archivo Iber_Culverts.dat. 

Aquí tienes algo más de información de cómo se generan los archivos de entrada y cómo se puede ejecutar el modelo llamando directamente al ejecutable: https://www.iberaula.es/Forum/VerForo?id_foro=11205
Quizás este método es un poco lío y merece la pena que vuelvas a definir las obras, aunque sea un pesado...