Hola Fabián,

Es exactamente como comentas. Defines tu ráster de intensidad en mm/h y luego en Datos>>Datos del problema>>Procesos hidrológicos, asocias cada raster a un tiempo y la carpeta en dónde están guardados todos los rásters. Es importante que incluyas también la extensiónd el archivo al definir el nombre. Te dejo una captura de un modelo mío por si te sirve de utilidad:

Si vas a definir un mismo hietograma a la subcuenca de la izquierda y otro hietograma en la otra subcuenca, recuerda que también tienes la opción de definir ambos hietogramas y asignar cada uno a una superficie en Datos>>Procesos hidrológicos>>Lluvia.

Un saludo,
Gonzalo García-Alén